商丘市辖区面积10704平方公里，约占河南省总面积的6.4%。市域总面积中平原面积占10623平方公里，约占总面积的99.24%；山丘面积81平方公里，约占总面积的0.76%，分布在永城市境内，为剥蚀残丘，残丘中蕴藏着丰富的水泥石灰岩、花岗石英岩、大理石岩等非金属矿产以及少量的地热资源，具有较高的工业价值。

    商丘市属暖温带半温润大陆性季风气候，春暖、夏热、秋凉、冬寒，四季分明，年平均日照时数1944小时，年平均气温14.2℃，一般最高温度39℃，一般最低温度零下9℃。年平均降水量623毫米，无霜期约211天。

    商丘市属淮河流域，分属洪泽湖、涡河、南四湖三大水系。洪泽湖水系境内流域面积4912平方公里，涡河水系境内流域面积4341.5平方公里，南四湖水系境内流域面积866.4平方公里。境内流域面积在1000平方公里以上的骨干河流有涡河（4048平方公里）、惠济河（3700平方公里）、沱河（2358平方公里）、黄河故道（1408平方公里）、浍河（1314平方公里）、大沙河（1246平方公里）、王引河（1020平方公里）等。河流大多呈西北东南流向，大致平行相间分布，多属季节性雨源型，汛期遇大、暴雨，河水猛涨，洪峰显著，水位、流量变化很大。全市多年平均天然水资源总量22.84亿立方米，其中，地表水9.07亿立方米，浅层地下水16.97亿立方米，重复水量3.20亿立方米。外来水资源8.45亿立方米。天然水资源多年平均每平方公里21.34万立方米，亩均水资源240立方米，约为全省亩均水资源量的48%，为全国亩均水资源量的13.4%。人均水资源303.6立方米，约为全省人均水资源的57.4%，为全国人均水资源量的13.8%。

    境内分布着金属矿产、非金属矿产、能源矿产三种类型的矿产资源，金属矿产储量较小，能源矿产储量丰富，非金属矿产储量较大。金属矿产类仅有铁矿，分布在永城市老城区东4公里处的王庄及其周围，面积约0.45平方公里。经多次勘探，已探明工业储量902.6万吨，远景储量1306.8万吨。矿床含铁量很高，伴生矿产有钴，可在选矿时回收钴金属467吨。铁矿床埋藏深度97～400米，新生代覆盖层厚90～100米。因王庄及其周围水文地质条件复杂，地下断层较多，铁矿产尚未开发。能源矿产已发现的有煤炭与石油、天然气。煤炭主要分布在永城、夏邑、柘城境内，含煤面积4056平方公里，地质储量200亿吨。已开发的永城煤田精查储量为31.46亿吨，其中天然焦5.9亿吨。煤炭为优质低硫低磷灰无烟煤，为全国六大无烟煤基地之一。石油、天然气分布在虞城、夏邑县境内，尚未被国家列入开采计划。非金属矿产有石灰岩、花岗石英斑岩、白云岩、细晶岩、大理石岩、膨润土、粘土、地热等。石灰岩分布在永城市芒山镇境内，探明工业储量为3608.3万吨。花岗石英斑岩分布在永城市芒山镇的邵山、徐山等处，工业储量413万吨，远景储量1048万吨。白云岩分布在永城市芒山镇的铁角山、夫子山、僖山的顶部，地表以上储量6835万吨。细晶岩分布在永城市芒山镇的芒砀山、夫子山、黄土山一带。大理石岩分布在永城市芒山镇的周山一带，厚度约2米。膨润土分面在永城市芒山镇的徐山，为钙质膨润土，储量9.36万吨。粘土分布在永城市芒山镇周围的山坡地带，含蒙脱石粘土，储量92.35万吨。地热资源分布在永城市老城区东3～4公里处，埋葬深度480～580米，水温分别为36℃、40℃，为低温热水。