玉龙雪山是青藏高原范围内最边远的有海洋性冰川分布的高山。气候雪线在海拔5000米左右,地形雪线大约为4000~4500米。主峰扇子陡发育有悬冰川,海拔4500~5000米左右的高度则分布有冰斗冰川,现冰川总计有19条,总面积11.61平方公里,其中“白水一号”是目前最具游览条件的冰川。此外,玉龙雪山还有众多的古冰川遗迹,其中包括主峰扇子陡下面的干河坝。干河坝谷底海拔3300米,谷口朝向西南,谷宽300米,两侧灰岩陡壁相对高差达1000米以上,谷坡65~70度,是典型的阿尔卑斯式大型冰川谷。
由于玉龙雪山的高低落差大,从山脚河谷到峰顶具备了亚热带、温带到寒带的完整的垂直带自然景观。玉龙雪山东坡,海拔2400~2900米为半湿润的常绿阔叶林和云南松林带;海拔2700~3200米为针阔叶混交林和硬叶常绿阔叶林带,前者主要为丽江铁杉,后者则以黄背栎、长穗高山栎为主要种类;海拔3200~4200米为山地暗针叶林带,这里气候凉爽潮湿,主要植被为高山松林、丽江云杉林和长苞冷杉林。
海拔3700~4300米和海拔4300~5000米地带分别为高山杜鹃灌丛草甸带和高山流石滩稀疏植被带,其上便是永久冻土。这其中孕育了几千种动植物,其中包括13种国家保护动物及20种国家保护植物,得天独厚的地理环境为玛咖生长提供了有利的条件,其地理环境、气候、海拨、土壤与秘鲁安第斯山脉极为相似,曾有国外植物学家长驻丽江专职研究玛咖种植项目,从而在雪山一带散布着较为丰富的野生玛咖,经中国科学院过程工程院测定该地区玛咖营养成分已达秘鲁玛咖水平,据悉该地区生长的玛咖是国内唯一能提供正宗玛咖原料的产地。
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