大围山从最低海拔76.4米到最高海拔2365米,依次分布着湿润雨林、季节雨林、山地苔藓常绿深阔叶林和山顶苔藓矮林,是我国大陆具有湿润雨林和热带山地森林垂直带系列最完整的地区。由于未受第四纪冰期的影响,保存了许多古老特有的珍稀动植物,大围山成了古老热带森林动植物的避难所,因此又被称为“中国动植物的基因库”,是中国现存3个生物类群特有中心之一。保护区内有种子植物188科1055属3619种,有丰富的蕨类、苔藓等植物,其中我国1984年公布的首批302种濒危保护植物名录中,大围山就集中了50种,占13%。由于大围山集聚了植物的古老性、珍稀性、多样性、完整性,因此成为生物多样性珍稀濒危植物最丰富的保护区之一,是研究种质植物起源、系统发育、分类学及区域学的重要地区。
大围山的野生动物资源也相当的丰富,有兽类82种,鸟类285种,亚种、两栖类53种,爬行类60种,鱼类14科50属70种,具有极高的生物多样性。区内国家一级保护动物有蜂猴、小蜂猴、黑冠长臂猿、云豹等8种,二级保护动物短尾猴、熊猴、大灵猫、水鹿、斑羚等数十种。而世界仅存的中华赤面猴和中华蜂猴也正是栖息和繁衍于此。还有大围山特有新种大围角蟾、细线蛙和长趾蛙等。
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